Penentangan semasa Kesultanan Johor

        Pada tahun 1533 Sang Naya seorang rakyat Johor dan Melaka cuba menyerang Portugis dari dalam Melaka semasa orang Portugis pergi ke gereja. Tetapi rancangannya diketahui lalu ia dibunuh dengan cara menjatuhkannya dari menara bangunan. Perbuatan ini menyebabkan Sultan Johor pada masa itu marah. Oleh itu, Estavao Da Gama (anak Visco Da Gama) telah menghantar wakil ke Johor untuk menjelaskan pembunuhan Sang Naya tetapi wakil itu telah ditangkap lalu disuruh memanjat pokok yang tinggi lalu ditolak ke bawah dan mati. Oleh itu, pada Jun 1533 Portugis dengan dua buah kapal dan 400 askar diketui Estavao telah menyerang Johor dan memaksa sultanya berundur ke Sayung. Penyerangan ini menyebabkan orang Melayu marah dan menyerang kapal Portugis yang lalu di perairan Johor. 1536 Portugis menyerang sayung dan telah menang dan ini memaksa Sultan untuk berdamai.
           Pada Januari 1551, dengan bantuan Perak dan Pahang. Johor telah menyerang Portugis dengan 200 perahu dan 5000 askar. Mereka telah mengepung Melaka selama tiga bulan tetapi gagal setelah Portugis merancang menyerang Perak dan Pahang serta Johor dan ini mendesak ke tiga-tiga negeri berundur dan mempertahankan negeri mereka.
          Sejak itu Johor tidak lagi menghantar misi semasa Sultan Alauddin Riayat Shah II. Dan pada tahun 1564 Sultan Alauddin Riayat Shah al-Qahhar iaitu Sultan Acheh , telah menyerang Johor dan menawan Sultan Alauddin dan keluarganya serta dihukum bunuh dan dikenali 'Marhum Syahid Mangkat di Acheh).
          Pada tahun 1570/71 Sultan Umar yang berasal dari negeri Pahang (Putera Raja Ahmad dengan Puteri Puspa Dewi) dilantik menjadi Sultan Johor bergelar Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Riayat Shah II den baginda melantik Tun Seri Lanang menjadi Bendahara Johor. Sultan Ali mendirikan kerajaan di Johor Lama. Semasa pemerintahan Sultan Ali terdapat beberapa siri serangan orang Johor ke atas Melaka, iaitu;




1577 - Johor membantu Acheh menyerang Portugis, pada masa ini hubungan Johor dengan Acheh adalah baik.
1587 - Sultan Ali menyerang Portugis di Melaka tetapi gagal.




Kerana siri serangan Johor ini maka Portugis juga telah melancarkan siri serangannya ke atas Johor, iaitu;
1576 - Portugis menyerang Johor Lama tetapi gagal
1578 - Portugis sekali lagi menyerang Johor Lama tetapi sekali lagi gagal kerana pada masa ini Johor dan Acheh bersahabat baik dan Johor di bantu oleh Acheh mempertahankan Johor.
Julai 1587 - Portugis menyerang Johor dan pertempuran di sungai Johor dan pada masa ini Johor kalah tetapi oleh kerana orang Portugis ghairah untuk menyerang maka pasukannya terpecah dua lalu diserang balik oleh orang Johor dan akhirnya Portugis kembali ke Melaka.
15 Ogos 1587 - Portugis di bawah Poula De Lima menyerang Johor Lama dan Kota Batu dengan kekuatan 600 askar dan masa ini Johor dengan kekuatan 8000 askar, pada masa ini Johor kalah dan Portugis telah merampas 800 meriam gangsa, emas, perak dan 1200 perahu
1589 - pasukan Portugis dibawah Francisco Da Sauza Pereira menyerang Batu Sawar dan mengalahkan Johor serta merampas 20 meriam.




       Setelah beberapa kali diserang dan menyerang maka Sultan Ali telah menjalankan beberapa cara untuk mempertahankan negerinya iaitu pada 1582 Sultan Ali telah bersahabat dengan Portugis untuk mempertahankan Johor dari serangan Sultan Alauddin Mansur Shah yang pada masa itu menjadi Sultan Acheh (1577-1585) apabila Sultan Alauddin Mansur mahu Johor di bawah pemerintahan Acheh pada tahun 1587 Sultan Ali bersemayam di Batu sawarn dan mangkat pada 1597 di Batu Sawar dan dikenali sebagai ' Marhum Mangkat di Batu Sawar'